[서울=뉴스핌] 홍석희 기자 = 미국 업체가 우리나라 기업으로부터 지급받은 특허 사용료도 국내원천소득에 해당해 대한민국이 과세할 수 있다는 대법원 판단이 나왔다. 국내에 등록되지 않은 특허에 대해서는 사용을 상정할 수 없고 그 사용 대가 또한 국내원천소득으로 볼 수 없다는 기존 판례를 33년 만에 뒤집은 것이다.

대법원 전원합의체(주심 권영준 대법관)는 18일 SK하이닉스가 이천세무서장을 상대로 낸 경정거부처분 취소소송에서 원고 승소한 원심 판결을 파기하고 사건을 수원고법으로 돌려보냈다.

[서울=뉴스핌] 정일구 기자 = 조희대 대법원장을 비롯한 대법관들이 18일 오후 서울 서초구 대법원 대법정에서 열린 전원합의체 선고에 착석하고 있다. 2025.09.18 mironj19@newspim.com

대법원은 한미조세협약상 '특허의 사용'이라는 용어는 협약에는 정의되지 않은 것이므로 국내법에 따라 '특허권' 자체가 아닌 '특허기술의 사용'을 의미하는 것으로 봐야 한다고 판단했다.

특허의 등록지와 관계없이 해당 특허의 특허기술을 국내에서 제조·판매 등에 사용했다면, 이는 특허의 국내 사용에 해당하므로 미국법인이 지급받은 특허 사용료는 국내원천소득으로 국내 과세권이 미칠 수 있다고 본 것이다.

SK하이닉스는 2013년 12월 반도체 관련 특허권을 보유한 미국법인과 특허사용계약을 맺고 5년간 매해 160만달러를 특허 사용료로 지급하기로 약정했다.

이에 따라 이듬해 1월 2014년분 사용료를 지급하면서 국내 과세당국에 법인세 3억1천만원을 원천징수해 납부했다. 법인세법상 외국 법인에 국내원천소득이 발생하면 우리 과세당국에 법인세를 내야 한다.

실질적 납부 의무자는 외국법인이지만 원천징수 방식에 따라 한국 기업이 외국법인에 소득에 해당하는 금액을 지급하면서 법인세 몫을 떼고 대신 내게 된다.

SK하이닉스는 미국법인의 특허 사용료 소득을 국내원천소득으로 볼 수 없다며 원천징수한 법인세를 돌려달라며 환급을 청구했고, 과세당국이 거부하자 행정소송을 제기했다.

법인세법에 따르면 외국법인의 특허가 국내에는 등록되지 않은, 즉 국내 미등록 특허권이라 하더라도 국내에서 제조·판매 등에 사용됐다면 국내원천소득으로 본다고 규정한다.

다만 국제조세조정법은 이런 법인세 조항에도 불구하고 조세협약이 있다면 협약을 우선 적용하도록 정한다. 한미조세협약은 '재산의 사용료는 어느 체약국 내의 해당 재산 사용 또는 사용할 권리에 대해 지급되는 경우에만 해당 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급한다'고 정한다. 즉 특허 같은 재산을 사용하는 대가(사용료)는 그 재산이 실제로 사용되는 나라에서만 원천소득으로 본다는 것이다.

지금까지 대법원 판례는 '특허는 등록된 국가 안에서만 유효하다'는 특허권 속지주의를 바탕으로 이 조항을 해석했다. 특허권 속지주의 원칙상 해당 특허권이 등록되지 않은 국가에서는 특허권 사용이나 그 사용대가 지급을 애초에 상정할 수 없고, 따라서 특허 사용료는 국내원천소득으로 볼 수 없다는 것이다.

그러나 이날 대법원은 "한미조세협약에서 '특허의 사용'은 특허권 자체가 아닌 특허권 기술의 사용을 의미한다"며 "종전 판례가 근거로 든 이른바 '특허권 속지주의'는 한미조세협약에서 말하는 특허의 사용지와 관련해서는 고려해야 할 원칙이 아니다"라고 밝혔다.

대법원은 "한미조세협약은 협약에서 정의되지 않은 용어는 달리 문맥에 따르지 않는 한 조세가 결정되는 체약국, 즉 이 사건의 경우 국내법에 따른 의미를 가지도록 정하고 있다"며 "국내 미등록 특허권의 국내 사용 자체를 상정할 수 없다고 볼 만한 문맥 등 근거를 한미조세협약에서 찾을 수 없다"고 설명했다.

대법원은 또한 한미조세협약의 문맥에 의하더라도 국내 미등록 특허권은 국내에서 사용될 수 있다고 봐야 한다고 판단했다.

대법원은 "한미조세협약에 규정된 사용료 지급 대상에는 특허처럼 등록을 필요로 하는 것 외에 저작권이나 지식, 기능처럼 그렇지 않은 무형자산도 있다"며 "이러한 무형자산에 통일적으로 적용될 수 있는 '사용'이란 말의 의미는 '권리 자체'의 사용이 아니라 '무형자산의 내용을 이루는 기술이나 정보 등'의 사용이라고 봐야 한다"고 설명했다.

대법원은 그러면서 "특허권 속지주의는 특허기술의 국내 사용이 국외 특허권자에 대한 특허침해행위가 되지 않는다는 것을 의미할 뿐"이라며 "이로부터 특허기술을 국내에서 사용할 수 없다거나 그 특허기술에 재산적 가치가 없어 사용대가를 지급하는 것을 상정할 수 없다는 논리가 도출되지 않는다"고 밝혔다.

이어 "계약자유의 원칙에 따라 국내 미등록 특허권의 특허기술을 우리나라에서 사용하고 국외 특허권자에게 대가를 지급하는 라이선스 계약도 얼마든지 가능하다"고 덧붙였다.

반면 노태악·이흥구·이숙연 대법관은 기존 판례와 같이 "한미조세협약에서 말하는 '특허'는 등록함으로써 효력이 발생하는 권리로서 '특허권'을 의미한다"며 "특허권 속지주의 원칙상 '특허의 사용'은 해당 특허권이 등록된 국가 내에서만 이루어질 수 있다"고 밝혔다.

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