[서울=뉴스핌] 이성화 기자 = 셀트리온제약이 2009년 한서제약을 인수 합병하는 과정에서 과세당국이 부과한 법인세 99억여원을 취소해달라는 소송을 제기해 대법원에서 최종 승소했다.

대법원 2부(주심 민유숙 대법관)는 셀트리온제약이 역삼세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송에서 원고 승소 판결한 원심을 확정했다고 10일 밝혔다.

셀트리온은 2009년 5월 한서제약을 인수 합병하면서 인수금액 635억여원 중 한서제약의 순자산 공정가액인 353억여원을 제외한 282억여원만 회계장부에 영업권으로 계상했다.

과세당국은 2015년 3월 영업권 282억원이 구 법인세법상 합병평가차익에 해당한다고 보고 셀트리온에 2009 사업연도에 대한 법인세 총 99억9100만여원을 부과했다. 셀트리온이 간질환 치료제와 관련해 동종업계에서 차별화된 기술력을 보유하고 있는 한서제약의 영업상 비밀을 장차 초과 수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 평가해 합병대가를 산정했다고 본 것이다.

이에 셀트리온 측은 "법인세법상 합병평가차익에 해당하지 않는다"며 불복 소송을 냈다. 그러면서 "한서제약의 무형의 사업상 가치를 평가해 승계한 것이 아니라 한서제약의 순자산을 공정가액으로 승계하면서 차액을 회계상 영업권으로 계상한 것에 불과하다"고 주장했다.

1심은 "이 사건 영업권이 법인세법상 과세대상인 합병평가차익임을 전제로 한 처분은 위법하다"며 과세당국의 법인세 부과처분을 취소하라고 판결했다.

이어 "셀트리온이 회계장부에 이 사건 영업권의 가액으로 계상한 282억원은 기업회계기준에 따른 것으로 보인다"며 "한서제약의 상호·거래관계 그 밖의 영업상 비밀 등을 초과수익력 있는 무형의 재산적 가치로 인정하고 그 사업상 가치를 평가해 대가를 지급한 것이라고 단정하기 어렵다"고 설명했다.

과세당국은 이에 불복해 항소했으나 항소심도 "1심에서 제출된 증거와 추가로 제출된 증거들을 보태 보더라도 1심 판단은 정당한 것으로 보인다"고 했다.

항소심 과정에서 과세당국은 셀트리온이 2015년 5월 영업권이 합병평가차익에 해당함을 전제로 경정청구를 했다며 소송에서 이와 상반되는 주장을 한 것은 신의성실의 원칙에 위배된다고도 주장했다.

그러나 항소심 재판부는 "셀트리온의 이 사건 청구가 경정청구에 반한다고 단정할 수 없고 국세기본법에서 정한 신의성실의 원칙에 위반된다고 할 정도로 심한 배신행위에 기인했다고 보기도 어렵다"며 받아들이지 않았다.

대법원 또한 "원심 판단에 세법상 영업권, 신의성실의 원칙에 관한 법리오해 등 잘못이 없다"며 최종적으로 셀트리온 측 손을 들어줬다.

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