[세종=뉴스핌] 정성훈 경제부장 = 1998년 봄, 한국 종자산업의 심장부가 무너졌다. 외환위기의 충격이 채 가시지 않은 그해, 국내 채소 종자 생산의 60~70%를 책임지던 흥농종묘와 중앙종묘가 미국 종자기업 세미니스(Seminis·당시 멕시코 ELM그룹 계열)의 손에 넘어갔다. 수십 년을 쌓아올린 배추·무·고추 육종 노하우와 300여 종의 우수 품종, 그리고 전국에 걸쳐 운영하던 연구 농장이 통째로 외국 기업의 자산이 됐다.

이보다 앞선 1997년에는 업계 2위 서울종묘가 스위스 노바티스(Novartis)에, 청원종묘는 일본 사카다(Sakata)에 각각 흡수됐다. 외환위기 전후 단 2년 사이, 국내 4대 종자기업이 모두 외국계 손으로 넘어간 것이다. 국내 농업 전문가들이 '국치일과 맞먹는 충격'이라고 표현했던 사건이다.

그로부터 25년이 흘렀다. 정부는 수조 원을 투입해 종자 주권 회복에 나섰고, 수출 대상국은 24개국에서 70개국으로 늘었다. 그러나 무역수지는 여전히 만성 적자다. R&D 예산은 오히려 줄었고, 품종보호권 출원은 급감했다. 한국의 종자 주권, 25년 만에 얼마나 돌아왔을까.

외환위기 이전 한국 종자산업은 동아시아에서 손꼽히는 수준이었다. 1952년 창립한 흥농종묘는 배추·무 종자 개발에서 세계 최고 기술력을 자랑했고, 해외에 현지 법인까지 뒀다. 서울종묘, 중앙종묘, 청원종묘를 포함한 4대 기업은 국내 상업용 채소 종자 시장을 사실상 주도했다.

그러나 1997년 11월 터진 외환위기는 모든 것을 바꿔놓았다. 자금난에 내몰린 종자 기업들은 줄줄이 매물로 나왔다. 노하우를 인수하려는 글로벌 다국적 기업들은 '은행 빚을 갚아주는 대신 연구소·직원·지식재산권 등 유무형 자산 일체를 넘겨달라'는 조건을 제시했다. 당시 우리 사회에는 씨앗의 지식재산권을 사수해야 한다는 인식 자체가 거의 없었다. 흥농종묘는 그렇게 헐값에 팔려나갔다.

그 결과는 빠르게 현실이 됐다. 매각 후 4년 만에 국내 종묘 시장의 60~70%가 외국 자본에 잠식됐다. 우리 토양에서 개발한 신품종 노하우는 외국 기업의 서버로 옮겨갔고, 종자 가격은 치솟았으며, 국내 종자업계는 급격히 위축됐다.

2012년 정부는 뒤늦게 반격에 나섰다. 농림축산식품부·해양수산부·농촌진흥청·산림청 4개 부처가 공동으로 '골든시드프로젝트(GSP)'를 출범시켰다. 금(金)보다 비싼 가치를 지닌 종자를 키워내겠다는 의지를 담은 10년짜리 국가 R&D 프로젝트였다. 총 예산은 4911억 원. 목표는 '2020년 종자 수출 2억 달러, 2030년 30억 달러'였다.

성과는 분명히 있었다. 10년간 신품종 955건이 개발됐고, 수출 대상국은 24개국에서 70개국으로 세 배 가까이 늘었다. GSP로 개발된 품종의 수출 비중은 2013년 전체 종자 수출의 1.7%에서 2017년 45.1%까지 올라갔다. 채소 종자 수출은 2018년 5230만 달러에서 2021년 6091만 달러로 꾸준히 늘었다.

그러나 2021년 GSP가 종료되면서 냉혹한 현실이 드러났다. 개발된 신품종 955건 가운데 실제로 상업화된 비율은 40%에 그쳤다. 연구실과 시장 사이의 골이 여전히 깊다는 뜻이다. 만성적인 무역수지 적자도 해소되지 않았다. 한국무역협회 집계에 따르면 최근 10년간 종자(채소·씨감자·옥수수·화훼 합계) 무역수지 적자는 총 2억9678만 달러에 달한다. 연평균 3000만 달러씩 적자를 내온 셈이다.

GSP가 끝나자 정부의 종자 R&D 지원이 급격히 줄었다. GSP 기간 연평균 491억 원 수준이던 종자 R&D 예산은 2022~2024년 연평균 253억 원으로 쪼그라들었다. GSP 대비 5분의 1 수준이다. 민간 기업의 R&D 투자도 2017년 820억 원에서 2022년 595억 원으로 감소했다.

그 결과는 수치로 고스란히 나타났다. 국제식물품종보호연맹(UPOV) 집계를 인용한 파이낸셜뉴스의 보도에 따르면 지난해(2025년) 한국의 종자 품종보호권은 436건으로, 641건이던 2023년과 비교해 2년 사이 205건(약 32%)이 줄었다. 

한편 농림축산식품부·국립종자원의 공식 품종보호 통계로 보면 같은 흐름이 더 또렷하다. 연간 보호등록 건수는 2023년 602건에서 2024년 491건, 2025년 436건으로 2년 연속 감소했다. 두 통계는 집계 기준(국제 출원 반영 방식 등)이 달라 절대값에는 차이가 있지만, '신품종 등록이 최근 들어 빠르게 줄고 있다'는 방향만큼은 일치한다. 품종보호권은 종자 기업이 신품종을 개발해 지식재산권으로 등록하는 절차인 만큼, 이 감소는 신품종 개발 파이프라인이 말라가고 있다는 신호다.

국내 종자기업 10곳 중 8곳 이상이 자체 육종이 아닌 단순 수입·판매에 그치는 구조는 이런 환경에서 더욱 굳어진다. 영세한 기업들은 장기 육종 투자 여력이 없고, 공공이 개발한 품종의 민간 이전은 절차가 복잡하다. '연구는 정부가, 돈은 해외 기업이 벌어가는' 구조가 고착되는 것이다.

종자 주권의 공백은 로열티 지출로 직결된다. 농촌진흥청이 국회에 제출한 자료에 따르면 최근 5년(2019~2023년)간 우리나라가 해외에 지급한 종자 로열티는 총 454억 원에 달했다. 품목별로는 버섯 159억5000만 원, 장미 103억9000만 원, 참다래(키위) 89억5000만 원 순이었다.

반면 같은 기간 한국이 해외에서 받은 종자 로열티 수취액은 21억 원에 그쳤다. 지급 대 수취 비율이 22대 1에 달하는 셈이다. 매년 수백억 원의 씨앗 값이 조용히 국경을 넘어 외국 기업의 통장으로 흘러들어 가고 있는 것이다.

더 아이러니한 대목도 있다. 우리 연구진이 개발한 국화 품종 '백강'이 일본 기업을 통해 베트남에서 재배되다 역수입되는 사례처럼, 우리 기술이 해외에서 상업화된 뒤 우리가 다시 수입해 로열티를 내는 일이 현실에서 벌어지고 있다.

2023년 정부는 다시 칼을 빼들었다. 제3차 종자산업 육성 종합계획은 5년간 1조9410억 원을 투자해 기업 주도 R&D로 전환하고, 정부 보유 유전자원을 민간에 개방하겠다는 방향을 담았다. 2027년까지 국내 시장 1조2000억 원, 수출 1억 2000만 달러가 목표다.

방향은 옳다. 하지만 전문가들은 세 가지 구조적 전환이 선행되어야 한다고 지적한다. 첫째, 공공 연구와 민간 상업화를 잇는 기술이전 체계의 혁신이다. 연구 성과가 시장으로 이어지지 못하는 40% 상용화율의 벽을 허물지 않으면 예산 증가는 큰 의미가 없다. 둘째, 해외 지식재산권(IP) 확보 전략이다. 국내 품종의 해외 품종보호권 출원을 대폭 늘리지 않으면 로열티 역조 구조는 되풀이된다. 셋째, 민간 대형 종자기업 육성이다. 영세 기업 위주의 산업 구조로는 글로벌 빅3와의 경쟁 자체가 성립하지 않는다.

'씨앗 주권'을 되찾으려면 예산만으로는 부족하다. 연구와 시장을 잇는 구조, 해외 IP를 선점하는 전략, 그리고 글로벌 무대에서 싸울 수 있는 기업이 필요하다.

이 시리즈의 다음 편(3편)에서는 비슷한 고민을 전혀 다른 방식으로 풀어낸 네덜란드의 이야기를 다룬다. 국토 면적이 한국의 절반도 안 되는 나라가 어떻게 세계 2위 농식품 수출국이 됐는지, '바헤닝언 모델'의 해부가 이어진다.

■ 한 줄 요약
외환위기에 씨앗을 팔고, 10년 투자에도 로열티 역조는 계속되는 한국 종자산업의 악순환을 끊으려면 연구·상업화·IP 전략이 하나로 연결되는 구조 전환이 필요하다.

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