[서울=뉴스핌] 배정원 기자 = 종합부동산세 과세표준 합산대상을 파악할 때 고유번호만 부여받은 경우와 사업자등록번호를 보유한 경우를 구별해야 한다는 법원의 판단이 나왔다. 고유번호는 과세자료의 효율적인 처리를 위해 부가가치세법상 단순히 부여한 번호일 뿐 사업자등록을 한 경우와 다르다는 것이다.

26일 법조계에 따르면 서울행정법원 행정2부(신명희 부장판사)는 교보자산신탁 주식회사가 삼성세무서장을 상대로 제기한 종합부동산세 등 부과처분 취소소송에서 원고 패소 판결했다.

앞서 교보자산신탁 주식회사는 A주택조합이 완공한 아파트 중 미분양 주택에 대해 부동산담보신탁계약을 체결하고 소유권 이전등기를 마쳤다. 이 사건 주택의 위탁자인 A주택조합은 부가가치세법 시행령에 따른 고유번호는 부여받았지만 사업자등록은 하지 않았다.

삼성세무서는 2020년 종부세 과세기준일까지 미분양 상태로 남아있던 이 사건 주택이 종합부동산세 과세표준 합산대상이라는 전제 하에 공시가격의 합계액이 6억원을 초과한다는 이유로 교보자산신탁 주식회사에 종부세 2519만원 및 농어촌특별세 503만원을 부과·고지했다.

이에 교보자산신탁 주식회사 측은 "이 사건 주택조합은 국세기본법에 따라 '법인으로 보는 단체'로 승인받고 고유번호를 부여받았는데 이는 사업자등록번호에 준하는 것"이라며 "과세표준 합산 면제 대상인 이 사건 주택을 배제하지 않고 종합부동산세를 산출한 이 사건 처분은 위법하다"며 행정소송을 제기했다.

구 종합부동산세법에 따르면 종합부동산세 과세표준 합산대상이 되는 주택의 범위에서 제외되기 위해서는 신탁재산의 경우 위탁자가 과세기준일 당시 사업자등록을 해야 한다.

재판부는 이 사건 주택조합이 구 종합부동산세법상 '사업자등록을 한 자'에 해당하지 않기 때문에 이 사건 처분은 적법하다고 판단했다.

그러면서 ▲부가가치세법은 사업자등록과 고유번호를 구별하고 있는 점 ▲고유번호만 부여받은 사업자는 매입세액공제를 받을 수 없는 점 ▲고유번호를 부여하는 취지는 과세관청의 부가가치세법상 과세자료 확보를 위한 협력의무 이행을 위한 것에 있는 점 ▲면세받은 법인은 과세기간 종료 후 매입처별 세금계산서합계표를 제출할 의무가 있는 점 등에 비춰보면 사업자등록을 한 자와 고유번호를 부여받은 자를 다르게 판단해야 한다고 설명했다.

재판부는 "고유번호만 부여받은 이 사건 주택조합을 부가가치세법상 사업자등록을 한 자에 해당한다고 볼 수 없다"며 "원고의 청구는 이유가 없어 기각한다"고 밝혔다.

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