[세종=뉴스핌] 오종원 기자 = 중소·중견 수입기업이 관세 신고 오류를 바로잡을 수 있는 기간이 사실상 늘어난다. 관세사의 연간 검증을 거치면 현행 6개월의 보정기간이 지난 신고도 가산세 감면을 받을 수 있기 때문이다.

다만 기업들은 정부 지원 없이 매년 관세사 검증 비용을 부담해야 하고 한번 지정되면 5년간 이를 유지해야 해 관세사 비용과 장기 의무가 기업 참여의 문턱으로 작용할 수 있다는 우려가 제기된다.

14일 재정경제부와 관세청 등에 따르면 정부는 '2026년 세제개편안'에 이 같은 내용의 '관세 성실신고 확인제도'를 신설하는 관세법 개정안을 담았다.

신청 대상은 직전 과세연도 수입액이 3000만달러 미만인 중소·중견기업이다. 제도에 참여한 기업은 가산세 감면과 수입검사 축소·생략 등의 혜택을 받는다. 대신 매년 관세사나 관세법인을 통해 과세가격과 품목분류 등 신고 내용의 적정성을 검증받아야 한다.

◆ 6개월 지난 신고도 가산세 감면…보정기간 사실상 연장

이번 제도의 핵심 혜택은 신고 오류를 바로잡을 수 있는 기간이 사실상 연장된다는 점이다. 현행법상 기업은 납세신고일부터 6개월까지 부족세액을 보정할 수 있다. 하지만 이 기간이 지난 뒤 오류를 발견해 수정신고하면 가산세 부담이 발생할 수 있다.

성실신고 확인제도가 시행되면 보정기간이 끝난 수입신고도 이듬해 관세사 검증 과정에서 오류를 발견해 세액을 정정할 경우 기간 안에 보정한 것으로 인정받는다. 이에 따라 기업은 가산세 부담을 덜면서 신고 내용을 바로잡을 수 있게 된다.

이를 위해 참여 기업은 매년 관세사나 관세법인으로부터 수입물품의 과세가격과 품목분류(HS·Harmonized System) 등 세액 산정의 적정성을 검증받아야 한다. 관세사 등이 작성한 성실신고 확인서는 과세연도 종료 후 3개월 안에 관할 세관에 제출한다.

재경부 관계자는 "성실신고 확인에 따라 세액을 정정한 경우 보정기간 중에 신청한 것으로 보도록 해 보정기간 확대 효과를 주려는 것"이라고 설명했다.

가산세 감면 외에도 참여 기업에는 수입물품 검사 비율을 낮추거나 검사를 생략하는 혜택이 제공될 예정이다.

다만 모든 지정기업에 같은 혜택을 적용할지, 위험도나 신고 실적 등에 따라 차등 적용할지는 아직 정해지지 않았다. 재경부는 구체적인 기준을 두고 시행령 마련 과정에서 관세청과 협의한다는 계획이다.

기업 입장에서는 가산세와 통관 부담을 함께 줄일 수 있지만 수입검사 완화 범위가 확정되지 않아 현 단계에서는 참여에 따른 실익을 구체적으로 따지기 어렵다는 한계가 있다.

◆ 정부 지원 없이 매년 관세사 검증…수수료는 시장 결정

반면 제도 참여에 필요한 관세사 검증 비용은 기업이 직접 부담해야 한다. 정부는 별도의 비용 지원 방안을 마련하지 않았으며 구체적인 수수료는 시장에서 결정된다.

재경부는 내국세 성실신고 확인을 받을 때 세무사 수수료가 통상 200만~250만원인 점을 고려하면 관세사 비용도 비슷한 수준에서 형성될 가능성이 있다고 단순 추정하고 있다.

다만 관세 성실신고 확인은 새롭게 도입되는 업무인 데다 내국세와 관세의 업무 방식에도 차이가 있어 실제 비용은 달라질 수 있다.

재경부 관계자는 "자발적인 참여를 유도하는 선택제이기 때문에 정부가 비용을 별도로 지원하지 않는 방안으로 정부안을 제출했다"며 "내국세 성실신고 확인 수수료를 기준으로 비슷한 수준을 단순 추정하고 있지만 시장에서 어떻게 책정될지는 아직 불분명하다"고 말했다.

결국 수입신고 건수가 많지 않거나 가산세 감면 가능성이 작은 기업은 제도 참여로 얻는 혜택보다 매년 발생하는 관세사 비용이 더 크다고 판단할 수 있다. 기업별 수입 규모와 신고 구조에 따라 참여 유인이 달라질 수 있다는 의미다.

◆ 신청은 자유지만 5년간 의무…미제출 시 과태료

비용뿐 아니라 5년간 이어지는 확인서 제출 의무도 기업이 참여 전에 따져봐야 할 부분이다.

제도 참여 여부는 기업이 자율적으로 결정하지만 한번 확인대상 사업자로 지정되면 5년간 매년 확인서를 제출해야 한다. 비용이나 제도의 유불리를 이유로 지정기간 중 임의로 참여를 철회할 수는 없다는 게 재경부의 설명이다.

확인서를 제출하지 않으면 500만원 이하의 과태료가 부과된다. 확인서를 거짓 또는 부실하게 작성한 관세사도 관세사법에 따른 징계를 받을 수 있다.

기업뿐 아니라 확인 업무를 맡은 관세사에게도 책임이 부과되는 만큼 제도 시행에 앞서 부실 확인의 판단 기준과 책임 범위를 구체화할 필요가 있다는 지적이 나온다. 기준이 불명확하면 관세사의 검증 부담이 커지고 기업이 부담하는 수수료에도 영향을 줄 가능성이 있기 때문이다.

재경부 관계자는 "신청 여부는 사업자가 여러 조건을 고려해 선택하지만 한번 신청하면 최소한 5년간 의무를 부여하는 구조"라며 "납세자가 유불리에 따라 신청과 취소를 반복하면 제도 집행의 안정성과 실효성이 떨어질 수 있기 때문"이라고 말했다.

한편 이번 관세법 개정안이 국회를 통과하면 2027년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도분부터 제도가 적용된다. 2027년 귀속 수입신고가 첫 대상이며 기업은 2028년 3월 처음으로 성실신고 확인서를 제출하게 된다.

관세청은 이에 앞서 2027년 협조 기업을 대상으로 시범운영을 진행할 예정이다. 기업 의견을 수렴하고 관련 서식과 전산시스템을 점검하는 절차로, 법률상 혜택을 정식으로 적용하는 단계는 아니다.

정부가 예상 참여 기업 수를 공개하지 않은 가운데 제도 안착 여부는 수입검사 완화 등 참여 유인을 얼마나 구체화하고, 관세사 비용과 5년간의 제출 의무에 따른 부담을 얼마나 예측 가능하게 설계하느냐에 달릴 전망이다.

jongwon3454@newspim.com