[뉴스핌=박미리 기자] 대웅바이오를 시작으로 한미약품, 메디톡스 등 국내 주요 제약·바이오사가 국세청으로부터 부과받은 법인세 추징금을 잇달아 환급받고 있다.

29일 제약·바이오업계에 따르면 메디톡스는 지난 26일 조세심판원으로부터 법인세 134억원(납부액 114억원) 부과 처분 취소 결정문을 받았다. 이는 2016년 11월 과세관청(동청서 세무서)이 '수입금액의 과소계상'을 이유로 메디톡스에 부과한 법인세다.

메디톡스는 2014년 미국 앨러간에 액상형 보톡스 '이노톡스'를 기술수출하면서 계약금 6500만달러(당시 한화 약 700억원)를 받았다. 이 계약금을 메디톡스는 기술개발 스케줄에 따라 2014년부터 분할해 수익에 반영하기로 했는데, 과세관청이 이를 문제 삼고 세금을 매겼다.

메디톡스는 즉각 조세심판원에 불복 청구를 냈고, 1년여간의 공방 끝에 조세심판원이 메디톡스 손을 들어줘 추징금을 돌려받게 됐다. 메디톡스 관계자는 "아직 추징금 환급은 이루어지지 않았다"며 "환급 액수와 절차는 추후 결정된다고 한다"고 전했다.

메디톡스를 비롯해 최근 대웅제약과 한미약품도 2015~2016년 정기 세무조사 후 조세 불복절차를 밟아 부과된 법인세 추징금을 대부분 돌려받았다. 양사의 당시 법인세 추징금은 대웅바이오 164억원, 한미약품 357억원이다. 

대웅바이오는 지난해 10월 법인세 추징금 153억원과 기간에 따른 가산금을 환급받았다. 또 한미약품은 지난해 12월 조세심판원으로부터 경정 처분을 받으면서 가산금을 비롯해 추징금 상당액을 돌려받은 것으로 알려졌다.   

국세청은 두 회사가 판매관리비 등 영업과정에서 나간 비용으로 분류한 '수수료'를 접대비로 보고 추징금을 부과했다. 하지만 1년여간의 검토 끝에 조세심판원이 접대비가 아니라는 회사 측 주장을 받아들이면서, 이들은 납부했던 법인세 추징금을 돌려받게 됐다. 

이외에 셀트리온제약은 2009년 한서제약 합병 당시 발생한 영업권에 매겨진 100억원 세금(2015년 부과)에 부당함을 호소하고 있다. 조세심판원의 기각 결정을 받은 뒤 서울행정법원에 '법인세부과처분취소 소송'을 낸 것으로 알려졌다. 

[뉴스핌 Newspim] 박미리 기자 (milpark@newspim.com)